Рептилии составляют класс позвоночных животных, занимающий по уровню организации срединное положение между рыбами и земноводными и высшими позвоночными (птицами и млекопитающими). К современным рептилиям относятся крокодилы, черепахи, ящерицы и змеи, а также ящерицеобразная гаттерия или туатара, которая сама по себе образует отдельный отряд. Змеи, ящерицы и тесно связаны между собой и принадлежат к одному отряду, Squamata, который подразделяется на три подотряда. Предки современных змей и ящериц появились вместе с первыми динозаврами во время позднего Триасового периода, почти 200 миллион лет назад, хотя археологи редко находят доказательства этому. Современные ящерицы (подотряд Lacertilia), скорей всего, произошли от примитивного отряда Eosuchia во время Триасового периода, но самые старые доказательства связи между современными ящерицами и их предшественниками относятся к Верхнему Юрскому периоду, примерно 140 миллионов лет назад. В том же периоде появились первые предшественники современных птиц.

Полагается, что современные змеи (подотряд Serpentes) произошли от ящериц в раннем меловом периоде, но нет точного и неопровержимого доказательства связи между двумя этими подотрядами.

К сожалению, небольшие змеи и ящерицы не образуют хороших окаменелостей, так как мелкие, тонкие косточки легко ломаются или рассыпаются. Из-за данных неточных доказательств, эволюция змей основывается лишь на теории.

Одной из самых широко распространенных теорий является то, что все змеи произошли от ящериц, которые обитали в норах. Некоторые примитивные ящерицы проникали в норы под землю, для того, чтобы спрятаться от хищников и, возможно, для того, чтобы иметь возможность охоты на подземных обитателей (некоторые современные змеи до сих пор так делают). Такое обитание под землей, на протяжении многих поколений, повлияло на необходимость определенных изменений в анатомии и физиологии змей, предназначенных для повышения выживаемости.

В темноте подземного мира, глаза змеям были не нужны, поэтому в процессе эволюции они исчезли и остались только небольшие образования, благодаря которым змеи способны различать свет и тьму.

Так как змеи обитали в норах, то это означало, что конечности им не нужны, соответственно в процессе эволюции змеи лишились конечностей (хотя у некоторых сохранились рудиментарные тазовые пояса).

На следующей стадии эволюции, некоторые из норовых змей посчитали необходимым вернуться на поверхность. Так у змей снова появились глаза (и, хотя веки были потеряны безвозвратно, над глазом образовались прозрачные защитные чешуйки, названные «стеклянным веком». Наружные слуховые проходы по-прежнему отсутствовали, но современные змеи сформировали способность определять вибрации на твердых поверхностях. Дополнительные адаптивные особенности змей, обитавших под землей, включали острое обоняние и высокоразвитое чувство прикосновения. У большинства современных змей до сих пор обладают этими способностями.

Несмотря на теорию, гласящую о том, что современные змеи произошли от ящериц, обитавших в норах, среди современных ящериц не встречается семейств, которые могли бы стать связывающим звеном между ящерицами и змеями.

Даже безногие амфисбаены (подотряд Amphisbaenia), которые долгое время считались ящерицами, «превращающимися в змей», в настоящее время были выделены в отбельный подотряд. Хотя у них присутствуют признаки, характерные как для рептилий, так и для змей, у них также имеются уникальные особенности, присущие только им, что свидетельствует об отдельной эволюции.